Sesuai dengan Statuta IPB, fakultas berkedudukan sebagai unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Perguruan Tinggi. Fakultas dipimpin oleh seorang Dekan yang bertanggungjawab langsung kepada Rektor. Dekan dipilih dan diangkat oleh Rektor untuk masa jabatan empat tahun dari 3 calon Dekan usulan Senat Fakultas berdasarkan hasil pemilihan oleh anggota Senat Fakultas terhadap calon-calon Dekan yang memenuhi persyaratan. Persyaratan dan tata cara pemilihan Dekan diatur dengan Ketetapan Majelis Wali Amanat IPB No. 13/MWA-IPB/2003. Berikut adalah bagan alir pemilihan Dekan FMIPA:
Dalam menjalankan tugasnya sebagai pimpinan Fakultas, Dekan dibantu oleh dua Wakil Dekan yang menangani semua kegiatan Fakultas yang meliputi bidang akademik, bidang administrasi umum, dan bidang kemahasiswaan dan juga sumberdaya. Hal ini sesuai dengan tupoksi yang ditetapkan oleh MWA-IPB No. 17/MWA-IPB/2003. Wakil Dekan juga dipilih dan diangkat oleh Rektor untuk masa jabatan empat tahun berdasarkan usulan Dekan sebagaimana yang tertuang dalam ketetapan MWA-IPB No. 17/MWA-IPB/2003. Berdasarkan tupoksi yang ditetapkan oleh MWA-IPB No. 17/MWA-IPB/2003, fakultas merupakan unsur pelaksana akademik, dengan demikian pimpinan FMIPA mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan rumpun keilmuannya, yaitu MIPA. Selain tugas tersebut, Fakultas mempunyai fungsi: (1) mengembangkan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan rumpun keilmuan Fakultas; (2) mengembangkan pembinaan dosen, mahasiswa, dan tenaga administrasi di tingkat Fakultas; dan (3) mengembangkan pelayanan administrasi di tingkat Fakultas.
Agar dapat menjalankan fungsinya secara baik, maka pada awal kepengurusannya, Pimpinan Fakultas dan Departemen menyusun Renstra FMIPA untuk 5 tahun ke depan, yang mengacu pada renstra IPB. Setiap akhir tahun dengan mengacu pada renstra FMIPA dan renstra IPB, dilakukan perencanaan kegiatan untuk satu tahun berikutnya yang disusun dalam bentuk Rencana Kegiatan dan Anggaran Tahunan (RKAT). Untuk menjamin akuntabilitas pelaksanaan kegiatan Fakultas selama satu tahun berjalan dilakukan monitoring oleh tim audit internal (tim audit mutu akademik internal dan tim audit keuangan internal) dan eksternal oleh Inspektorat Jendral Kementerian Pendidikan Nasional. Audit keuangan juga dilakukan oleh akuntan publik bersama-sama dengan unit-unit lain di IPB. Pada akhir tahun, seluruh kegiatan yang telah dilakukan oleh Fakultas dilaporkan ke Rektor secara bersama-sama dengan unit-unit lain.
Struktur Organisasi – Fakultas adalah unsur pelaksana perguruan tinggi yang berkewajiban menyelenggarakan pendidikan akademik dan pendidikan profesional serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Organisasi Fakultas terdiri atas unsur pimpinan Fakultas, unsur normatif Fakultas, unsur pelaksana akademik, unsur pelaksana administrasi dan penunjang akademik. Pimpinan fakultas adalah Dekan yang dibantu oleh dua Wakil Dekan. Wakil Dekan bertanggungjawab kepada Dekan.
Berdasarkan MWA-IPB No. 17/MWA-IPB/2003, Dekan memiliki tugas dan wewenang yaitu:
- Mengkoordinasikan kegiatan akademik di tingkat fakultas.
- Menyelenggarakan jaminan mutu pendidikan di tingkat fakultas.
- Menyelenggarakan pelaksanan tugas di bidang akademik dan kemahasiswaan.
- Membina tenaga penunjang yang ada di lingkungan fakultas.
- Memelihara ketertiban dan keamanan di lingkungan fakultas.
- Membina hubungan dan kerjasama yang baik dengan alumni.
Berikut adalah diagram Struktur Organisasi FMIPA IPB:
Unsur normatif fakultas adalah Senat Fakultas. Senat Fakultas beranggotakan semua Guru Besar yang ada di fakultas, semua Ketua Departemen, dan 2 (dua) orang dosen non guru besar yang menjadi wakil dari masing-masing departemen. Senat Fakultas dipimpin oleh seorang ketua yang dipilih oleh anggota Senat Fakultas dan berperan dalam fungsi konsultatif dan normatif pada pelaksanaan tugas pimpinan fakultas. Hal-hal yang berkaitan dengan norma kehidupan kampus diatur oleh Senat Akademik IPB dan tertuang dalam keputusan Senat IPB No. 25/1/KEP/SA/2003 tentang Pedoman Norma, Etika dan Disiplin Dosen Institut Pertanian Bogor, No. 28/SA-IPB/2003 tentang Falsafah dan Sistem Nilai dalam Penyelenggaraan Kegiatan Akademik di Lingkungan IPB dan No. 47/SA-IPB/2007 tentang Norma dan Etika Kehidupan Kampus bagi Mahasiswa IPB.